| Región | Área | Decreto de creación de la AP | Superficie (hás) | Objeto de Conservación |
| Arica Parinacota | Quebrada de Chaca | DEX 573 del 23 de Julio 2010 | 5,4 | Habitad de alimentación y Repdroducción del Picaflor de Arica (Eulidia Yarrelli) y la vegetación nativa asociada, las espcies de Chañar (Geoffroea Decorticans), Carza (Haplorus Perivianus) y Guacán (Myrica Pavonis) |
| Arica Parinacota | Cerro Poconchile | DEX 573 del 23 de Julio 2010 | 1,197,09 | Tillandsia Marconae o Clavel del Aire |
| Tarapacá | Patache | DEX.632/30.11.05 | 1.114,40 | Ecosistema de nieblina de desierto costero de Tocopilla Alto Patache |
| Tarapacá | Salar de Huasco | DEX.633/30.11.05 | 119.701,83 | Humedal Altoandino Salar de Huasco |
| Tarapacá | Caserones | DEX 814/18.12.08 | 60,00 | Patrimonio arqueológico |
| Tarapacá- Antofagasta | Desembocadura Loa | DEX.661/16.12.05 | 193,98 | Marsupial Llaca (Thylamis pallifor) Humedal formado los meandros del rios, sitios arqueológicos. |
| Antofagasta | Peninsula de Mejillones | DEX 664/28.12.07 | 7.215,84 | Hábitat de fauna en peligro de extinción |
| Antofagasta | Isla Santa Maria | DEX 663/28.12.07 | 85,86 | Hábitat de fauna en peligro de extinción |
| San Pedro de Atacama | Laguna Legía | DEX 1524 29/12/2010 | 3.979,00 | Formación vegetacional estepa alto andina. Habitat de avifauna con problemas de conservación como el suri (extinción), parina chica y grande y flamenco chileno en categoría de vulnerable. Especies de mamiferos nativos como vicuña categoría en peligro, tuco tuco del tamarugal. |
| Atacama | Morro-Desembocadura Río Copiapó | DEX.383/15.11.06 | 8.052,27 | Desierto Costero de Tal Tal. Humedal Costero del río Copiapó: Patrimonio paleontológico y arqueológico |
| Atacama | Quebrada Leones | DEX.382/15.11.06 | 2.971,57 | Desierto Florido |
| Atacama | Isla Grande | DEX.384/16.11.06 | 50,00 | Hábitat de aves y mamiferos marinos |
| Atacama | Granito Orbicular | DEX.197/16.02.09 | 487,53 | Geoplasma del desierto florido y las especies Spalacopus cyanus y Larosterna inca |
| Atacama | “Desierto Florido” (Llanos de Travesía y Pajaritos) | DEX. 732 / 06.10.09 | 38905,67 | formación del Desierto Florido de los llanos, correspondiente a los pisos vegetacionales; Matorral Desértico Mediterráneos interior de Skytantus Acutus y Atriplex Deserticota; y Matorral Desértico Mediterráneo interior de Adesmia Argenta y Bulnesia Chilensis, según clasificación de Pliscoff y Luebert. |
| Coquimbo | Gaviota | DEX.234/30.06.06 | 182 | Ecosistema insular desierto costero del Huasco |
| Coquimbo | Humedales de Tongoy | DEX 417/28.09.07 | 105,06 | Ecosistemas de Humedales Costeros Mediterráneos Semiáridos |
| Maule | Laguna del Maule | DEX.254/24.07.06 | 2.198,12 | Ecosistema Alto Andino del maule |
| Maule | Potrero Lo Aguirre | DEX 776/15.12.08 | 460,28 | Hábitat de bandurria (Theristicus melanosis), sapo espinoso (Bufo spinulosus) y sapito de cuatro ojos del sur (Pluerodema Bufionina) |
| Bio Bio | Humedales de Isla Raqui | DEX 454/12.10.07 | 349,95 | Ecosistema humedal costero tipo estuario. Hábitat de aves en peligro de extinción. Hábitat de aves migratorias |
| Bio Bio | Ranchillo Alto | DEX 357/08.05.09 | 561,00 | Bosque adulto de Coihue-Rauli, hábitat del carpintero megro y corredor biológico de los nevados de Chillán |
| Araucania | Villa Las Araucarias | DEX 475/25.10.07 | 10,30 | Asociación florística de alta singularidad presente en bosques de araucarias costeros |
| Los Ríos | Llancahue | DEX.634/30.11.05 | 1.277,03 | Bosque laurifolio de Valdivia. Cuenca hidrográfica estero llancahue. |
| Los Ríos | Pellaifa | DEX 929/31.12.08 | 1.371,12 | Habitat de especies con problemas de conservación: Güiña (Oncifelis Güigna), Monito del Monte (Dromiciops gliropides), Puma (Felis concolor). Especies arboreas en límite de distribución: Lingue (Persea Lingue) y Boldo (Peumus Boldous). |
| Los Ríos | Cerro Illi | DEX 930/31.12.08 | 1.715,04 | Habitat de especies con problemas de conservación: Pudú (Pudú Pudú) y Monito del Monte (Dromiciops Gliroides). Especies vegetales: Lingue (Persea Lingue) y Boldo (Peumus Boldus). |
| Los Lagos | Ventisquero | DEX.635/30.11.05 | 1.420,71 | Matorral caducifolio Alto Montano; Glaciar Yelcho Chico |
| Los Lagos | Valle El Frío | DEX.663/16.12.05 | 5.961,70 | Bosque Siempreverde de Puyuhuapi, Matorral Caducifolio Alto Montano y ecosistemas palustres de mallines y lagunas. |
| Los Lagos | Islas Quilán | DEX.1582 / 30.12.10 | 1.807,70 | Bosque resinoso templado costero, Bosque Laurifolio de Chiloé y ambiente y hábitat para diversas especios que en la actualidad están en peligro de extinción o situación de vulnerabilidad: huillin, comadrejita trompuda, ranita de darwin. |
| Aysén | Palena Costa | DEX.390/16.11.06 | 80.694,52 | Matorral Bajo Mediterráneo Costero |
| Aysén | Bahía Mala | DEX.387/16.11.06 | 7.307,19 | Matorral Bajo Mediterráneo Costero |
| Aysén | Santa Lucia | DEX.389/16.11.06 | 9.324,36 | Bosque caducifolio templado andino; Matorral caducifolio templado andino. Glaciares Santa Lucia y Bravo |
| Aysén | Laguna Vera | DEX.388/16.11.06 | 3.228,67 | Bosque siempre verde templado andino. Hábitat del Huemul y el Puma |
| Aysén | Mosco | DEX.285/18.08.06 | 10.316,52 | Hábitat del Huemul |
| Aysén | Nalcayec | DEX.116/01.03.07 | 22.934,46 | Bosque Resinoso Templado Costero |
| Aysén | Aysén | DEX.783/28.12.07 | 11.569,08 | Cuerpos de agua de los afluentes del lago y terrenos con riesgos morfodinámicos altos |
| Aysén | Cerro Rosado | DEX 813/18.12.08 | 1.843 | Ventiquero y la Vegetación periglaciar |
| Aysén | Ventisquero Montt | DEX 481/06.08.08 | 10.338 | Ventisquero y la Vegetación periglaciar |
| Aysén | Laguna Caiquenes | DEX 198/16.02.09 | 8.510 | Habital del Huemul |
| Aysén | Río Azul | DEX 1055/30.12.09 | 12.009 | Habitat del Huemul |
| Magallanes | Rupert | DEX.275/04.08.06 | 46,93 | Hábitat terrestre de pingüino de Magallanes y Skuas, y Sitio de Anidación |
| Magallanes | Batchelor | DEX.272/04.08.06 | 24.124,43 | Hábitat del Huemul |
| Magallanes | Omora | DEX.644/06.12.05 | 405,91 | Bosque Siempre Verde Templado Costero, Matorral templado Antiboreal Andino, Desierto Antiboreal Andino |
| Magallanes | Carlos III | DEX.662/16.12.05 | 6.482,19 | Hábitat costero con usos de apostadero y paridero de Lobo Marino común (Otaria flavescens)y Lobo Fino (Arctocephalus australis); sitios de nidificación y descanso de colonias de Cormoran de las Rocas, Cormoran Imperial y Cormoran de las Malvinas |
| Magallanes | Rio Serrano – Milodón | DEX.064/31.01.07 | 44,30 | Bosque Caducifolio Antiboreal Andino y Estepa Mediterránea Oriental |
| Magallanes | Río Robalo – Navarino | DEX.468/29.12.06 | 5.196,24 | Matorral Templado Antiboreal Andino y Desierto Antiboreal Andino |
| Magallanes | Punta Sedger | DEX.423/05.12.06 | 14,52 | Hábitat y zona de anidamiento del Canquén Colorado |
| Magallanes | Cabo Froward | DEX.467/29.12.06 | 9.888,54 | Hábitat del Huemul |
| Magallanes | Isla Madre de Dios | DEX 480/26.10.07 | 123.668,30 | Formaciones karsticas únicas en el mundo. Restos arqueológicos y pinturas ruprestres |
| Magallanes | Islas Diego Ramirez | DEX 665/28.12.07 | 79,17 | Sitio de nidificación de aves antárticas y subantárticas |
| Magallanes | Islas San Idelfonso | DEX 666/28.12.07 | 37,55 | Sitio de nidificación de aves antárticas y subantárticas |
| Magallanes | Humedal Tres Puentes | DEX 199/16.02.09 | 16,42 | Humedal y comunidad de aves que nidifican en el área |
| Magallanes | Río Paralelo | DEX 891/16.11.09 | 15.347,00 | Bosque caducifolio templado-antiboreal andino de Nothofagus pumilio y Maytenus disticha |
| Metropolitana | Río Olivares | DEX 1293/ 19/11/2010 | 30.400,00 | Formación vegetacional estepa alto andina de Santiago y Bosque Esclerófilo andino. Hábitat de Condor y sitios arquelógicos. |
